1、相比于传统的扦插、嫁接，组织培养需要具备的条件更高些，而且对设备也有一定的要求，培养时要保证无菌的环境，需要一定的投入，并不是随便在某个角落就能够轻松的完成的。

  2、组织培养首先要准备合适的培养基，但是一种植株的品种很难找到合适的培养基，需要逐渐的实验筛选，有一定的周期。这也给组织培养的普及，带来一定的困扰。

  3、组织培养较大的难点就是降低WWW.麻豆.COM苗的污染率和提升WWW.麻豆.COM苗移栽的成活率，组织培养虽然能够培养出很多幼苗，但是适应环境的能力还是有一定要求的，整体的技术和实践要求进而限制了组织培养的普遍应用。